Determination and identification of innovate Protected Geographical Indication (PGI) products of specific species of Amvrakikos Gulf using DNA methodologies (Master thesis)
Παπαπέτρου, Μαρία
In this master thesis, the issue of determination and identification of innovative protected geographical indication products (PGI) of specific species of the Amvrakikos Gulf with the use of DNA methodologies, was studied. In particular, three mitochondrial genetic markers were used, the COI, Cytb genes and the control region (D-Loop). Sixty individuals of the species Melicertus kerathurus were collected from three regions: Thracian Sea, Ionian Sea and Amvrakikos Gulf (20 individuals per population). DNA isolation, agarose gel electrophoresis, amplification of the three genes by the PCR method and electrophoresis of their products on agarose gel were performed. Finally, the PCR products were purified and sequenced in an ABI 3500 automated analyzer.
| Institution and School/Department of submitter: | Σχολή Τεχνολόγων Γεωπόνων και Τεχνολογίας Τροφίμων και Διατροφής / Τμήμα Ζωικής Παραγωγής |
| Keywords: | Ιχθυοπανίδα;Αμβρακικός κόλπος |
| Description: | Στο πλαίσιο της συγκεκριμένης μεταπτυχιακής διατριβής, μελετήθηκε το θέμα του προσδιορισμού και της ταυτοποίησης καινοτόμων προϊόντων προστατευόμενης γεωγραφικής ένδειξης (Π.Γ.Ε) συγκεκριμένων ειδών της ιχθυοπανίδας του Αμβρακικού Κόλπου με τη χρήση μεθοδολογιών DNA. |
| URI: | http://195.251.240.227/jspui/handle/123456789/11241 |
| Item type: | masterThesis |
| General Description / Additional Comments: | Μεταπτυχιακή εργασία |
| Item language: | el |
| Item access scheme: | account |
| Institution and School/Department of submitter: | Σχολή Τεχνολόγων Γεωπόνων και Τεχνολογίας Τροφίμων και Διατροφής / Τμήμα Ζωικής Παραγωγής |
| Publication date: | 2018-01-12 |
| Bibliographic citation: | "Παπαπέτρου Αναστασία" "Προσδιορισμός και ταυτοποίηση καινοτόμων προϊόντων προστατευόμενης γεωγραφικής ένδειξης (Π. Γ. Ε.) συγκεκριμένων ειδών της ιχθυοπανίδας του Αμβρακικού κόλπου με τη χρήση DNA μεθολογιών" "ΣΤΓ&ΤΤ&Δ/Τεχνολογίας Τροφίμων" "ΑΤΕΙΘ" "2018" |
| Abstract: | Στο πλαίσιο της συγκεκριμένης μεταπτυχιακής διατριβής, μελετήθηκε το θέμα του προσδιορισμού και της ταυτοποίησης καινοτόμων προϊόντων προστατευόμενης γεωγραφικής ένδειξης (Π.Γ.Ε) συγκεκριμένων ειδών της ιχθυοπανίδας του Αμβρακικού Κόλπου με τη χρήση μεθοδολογιών DNA. Συγκεκριμένα χρησιμοποιήθηκαν 3 μιτοχονδριακοί γενετικοί δείκτες, τα γονίδια COI, Cytb και η περιοχή ελέγχου (D-Loop). Συλλέχθηκαν 60 άτομα του είδους Melicertus ketathurus από τρεις περιοχές: Θρακικό Πέλαγος, Ιόνιο Πέλαγος και Αμβρακικός Κόλπος (20 άτομα για τον κάθε πληθυσμό). Έγινε απομόνωση του DNA, ηλεκτροφόρηση σε πηκτή αγαρόζης, ενίσχυση των τριών γονιδίων με τη μέθοδο της PCR και ηλεκτροφόρηση των προϊόντων τους σε πηκτή αγαρόζης. Τέλος, τα προϊόντα της PCR καθαρίστηκαν και αλληλουχήθηκαν σε αυτόματο αναλυτή ABI 3500. In this master thesis, the issue of determination and identification of innovative protected geographical indication products (PGI) of specific species of the Amvrakikos Gulf with the use of DNA methodologies, was studied. In particular, three mitochondrial genetic markers were used, the COI, Cytb genes and the control region (D-Loop). Sixty individuals of the species Melicertus kerathurus were collected from three regions: Thracian Sea, Ionian Sea and Amvrakikos Gulf (20 individuals per population). DNA isolation, agarose gel electrophoresis, amplification of the three genes by the PCR method and electrophoresis of their products on agarose gel were performed. Finally, the PCR products were purified and sequenced in an ABI 3500 automated analyzer. |
| Table of contents: | 1. ΕΙΣΑΓΩΓΗ 1 1.1. ΓΕΝΙΚΑ 1 1.2. ΠΕΡΙΓΡΑΦΗ ΤΟΥ ΕΙΔΟΥΣ 2 1.2.1. ΜΟΡΦΟΛΟΓΙΚΑ ΧΑΡΑΚΤΗΡΙΣΤΙΚΑ 3 1.2.2. ΑΝΑΠΑΡΑΓΩΓΗ 5 1.3. ΜΙΤΟΧΟΝΔΡΙΑΚΟ DNA 6 1.3.1. ΕΞΕΛΙΞΗ ΤΟΥ ΜΙΤΟΧΟΝΔΡΙΑΚΟΥ DNA 8 1.3.2. ΓΟΝΙΔΙΟ ΚΥΤΟΧΡΩΜΙΚΗΣ ΟΞΕΙΔΑΣΗΣ (COI) 8 1.3.3. ΓΟΝΙΔΙΟ ΚΥΤΟΧΡΩΜΑΤΟΣ Β (CYTB) 9 1.3.4. ΒΡΟΓΧΟΣ-D (ΠΕΡΙΟΧΗ ΕΛΕΓΧΟΥ) 10 1.4. ΑΛΥΣΙΔΩΤΗ ΑΝΤΙΔΡΑΣΗ ΠΟΛΥΜΕΡΑΣΗΣ (PCR 11 1.5. ΑΝΑΛΥΣΗ ΠΡΩΤΟΔΙΑΤΑΞΗΣ (SEQUENCING ANALYSIS) 12 1.6. ΣΤΑΤΙΣΤΙΚΗ ΑΝΑΛΥΣΗ 13 1.6.1. ΜΕΘΟΔΟΣ NEIGHBOUR JOINING 13 1.6.2. ΜΕΘΟΔΟΣ UPGMA 14 1.6.3. ΜΕΘΟΔΟΣ MINIMUM EVOLUTION 15 1.6.4. ΠΑΡΑΜΕΤΡΟΣ FST 15 1.7. ΠΡΟΪΟΝΤΑ Π.Ο.Π – Π.Γ.Ε 16 2. ΣΚΟΠΟΣ ΤΗΣ ΕΡΓΑΣΙΑΣ 19 3. ΥΛΙΚΑ ΚΑΙ ΜΕΘΟΔΟΙ 20 3.1. ΒΙΟΛΟΓΙΚΟ ΥΛΙΚΟ 20 3.2. ΔΙΑΛΥΜΑΤΑ ΓΙΑ ΤΗΝ ΑΠΟΜΟΝΩΣΗ ΤΟΥ DNA 21 3.3. ΑΠΟΜΟΝΩΣΗ ΟΛΙΚΟΥ DNA 21 3.4. ΗΛΕΚΤΡΟΦΟΡΗΣΗ ΣΕ ΠΗΚΤΗ ΑΓΑΡΟΖΗΣ 23 3.5. ΔΙΑΔΙΚΑΣΙΑ ΗΛΕΚΤΡΟΦΟΡΗΣΗΣ 24 3.6. ΕΝΙΣΧΥΣΗ ΤΟΥ ΓΟΝΙΔΙΟΥ COI ΜΕ ΤΗΝ ΑΝΤΙΔΡΑΣΗ PCR 26 3.7. ΕΝΙΣΧΥΣΗ TOY ΓΟΝΙΔΙΟΥ CYTB ΜΕ ΤΗΝ ΑΝΤΙΔΡΑΣΗ PCR 27 3.8. ΕΝΙΣΧΥΣΗ ΤΗΣ ΠΕΡΙΟΧΗΣ ΕΛΕΓΧΟΥ (D-LOOP) ΜΕ ΤΗΝ ΑΝΤΙΔΡΑΣΗ PCR 28 3.9. ΗΛΕΚΤΡΟΦΟΡΗΣΗ ΣΕ ΠΗΚΤΗ ΑΓΑΡΟΖΗΣ 29 3.10. ΚΑΘΑΡΙΣΜΟΣ ΤΟΥ ΠΡΟΪΟΝΤΟΣ PCR 29 3.11. ΑΝΑΛΥΣΗ ΠΡΩΤΟΔΙΑΤΑΞΗΣ (SEQUENCING ANALYSIS) 30 II 3.12. ΔΕΥΤΕΡΗ ΑΝΤΙΔΡΑΣΗ PCR 30 3.13. ΚΑΘΑΡΙΣΜΟΣ ΠΡΟΪΟΝΤΟΣ ΔΕΥΤΕΡΗΣ ΑΝΤΙΔΡΑΣΗΣ PCR 31 3.14. ΠΡΟΕΤΟΙΜΑΣΙΑ ΔΕΙΓΜΑΤΩΝ ΓΙΑ ΤΟΠΟΘΕΤΗΣΗ ΣΤΟΝ ΑΝΑΛΥΤΗ ΑΒΙ 32 3.15. ΣΤΑΤΙΣΤΙΚΗ ΑΝΑΛΥΣΗ 33 4. ΑΠΟΤΕΛΕΣΜΑΤΑ 34 4.1. ΑΠΟΜΟΝΩΣΗ DNA 34 4.2. ΠΡΟΪΟΝΤΑ ΤΗΣ ΑΝΤΙΔΡΑΣΗΣ PCR 36 4.2.1. ΓOΝΙΔΙΟ COI 36 4.2.2. ΓOΝΙΔΙΟ Cytb 38 4.2.3. ΠΕΡΙΟΧΗ ΕΛΕΓΧΟΥ (D-Loop) 39 4.3. ΑΝΑΛΥΣΗ ΧΡΩΜΑΤΟΓΡΑΦΗΜΑΤΩΝ 40 4.4.ΤΑΥΤΟΠΟΙΗΣΗ ΔΕΙΓΜΑΤΩΝ ΣΤΗ ΒΑΣΗ ΔΕΔΟΜΕΝΩΝ BOLD 44 4.5. ΔΙΑΧΩΡΙΣΜΟΣ ΑΠΛΟΤΥΠΩΝ 46 4.6. ΔΕΝΔΡΟΓΡΑΜΜΑΤΑ ΑΠΛΟΤΥΠΙΚΗΣ ΑΝΑΛΥΣΗΣ 52 4.6.1. NEIGHBOUR JOINING TREE - CΟΙ 52 4.6.2. UPGMA TREE - CΟΙ 53 4.6.3. MINIMUM EVOLUTION TREE - CΟΙ 54 4.6.4. NEIGHBOR JOINING TREE - Cytb 55 4.6.5. UPGMA TREE - Cytb 56 4.6.6. MINIMUM EVOLUTION TREE - Cytb 57 4.6.7. NEIGHBOUR JOINING TREE - D-Loop 58 4.6.8. UPGMA TREE - D-Loop 59 4.6.9 MINIMUM EVOLUTION TREE - D-Loop 60 4.7. ΔΕΝΔΡΟΓΡΑΜΜΑΤΑ ΠΛΗΘΥΣΜΙΑΚΗΣ ΑΝΑΛΥΣΗΣ 61 4.7.1. NEIGHBOUR JOINING TREE - COI 61 4.7.2. UPGMA TREE - COI 62 4.7.3. MINIMUM EVOLUTION TREE - COI 63 4.7.4. NEIGHBOUR JOINING TREE - Cytb 64 4.7.5. UPGMA TREE - Cytb 64 4.7.6. MINIMUM EVOLUTION TREE - Cytb 65 4.7.7. NEIGHBOUR JOINING TREE - D-Loop 66 4.7.8. UPGMA TREE - D-Loop 66 4.7.9. MINIMUM EVOLUTION TREE - D-Loop 67 4.7.10. NEIGHBOUR JOINING TREE - ΣΥΝΟΛΙΚΕΣ ΑΚΟΛΟΥΘΙΕΣ (COI-Cytb-D-Loop) 68 4.7.11. UPGMA TREE - ΣΥΝΟΛΙΚΕΣ ΑΚΟΛΟΥΘΙΕΣ (COI-Cytb-D-Loop) 69 4.7.12. MINIMUM EVOLUTION TREE - ΣΥΝΟΛΙΚΕΣ ΑΚΟΛΟΥΘΙΕΣ (COI-Cytb-D-Loop) 69 4.8. ΔΕΙΚΤΗΣ FST 71 5. ΣΥΖΗΤΗΣΗ 72 6. ΣΥΜΠΕΡΑΣΜΑΤΑ 77 7. ΜΕΛΛΟΝΤΙΚΕΣ ΕΡΕΥΝΕΣ 78 ΒΙΒΛΙΟΓΡΑΦΙΑ 79 ΠΑΡΑΡΤΗΜΑΤΑ 89 |
| Advisor name: | Ιμσιρίδου, Αναστασία |
| Examining committee: | Ιμσιρίδου, Αναστασία |
| Publishing department/division: | Τεχνολογίας Τροφίμων |
| Publishing institution: | teithe |
| Number of pages: | 111 σ. |
| Appears in Collections: | Μεταπτυχιακές Διατριβές |
Files in This Item:
There are no files associated with this item.
Please use this identifier to cite or link to this item:
This item is a favorite for 0 people.
http://195.251.240.227/jspui/handle/123456789/11241
Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.
