Προσδιορισμός και ταυτοποίηση προϊόντων προστατευόμενης γεωγραφικής ένδειξης (Π.Γ.Ε.) του είδους Sardina pilchardus με τη χρήση DNA μεθοδολογιών. (Master thesis)
Φερέντης, Αθανάσιος
Στην παρούσα μεταπτυχιακή διατριβή, το θέμα μελέτης είναι ο προσδιορισμός και η ταυτοποίηση καινοτόμων προϊόντων Προστατευόμενης Γεωγραφικής Ένδειξης (Π.Γ.Ε.) συγκεκριμένων ειδών της ιχθυοπανίδας του Αμβρακικού κόλπου, κάνοντας χρήση μεθοδολογιών του DNA. Χρησιμοποιήθηκαν τρεις μιτοχονδριακοί γενετικοί δείκτες, τα γονίδια COI, Cytb και η περιοχή ελέγχου (D-Loop). Έγινε συλλογή 60 ατόμων του είδους Sardina pilchardus από τρεις διαφορετικές περιοχές: Ιόνιο πέλαγος, Αμβρακικό κόλπο και κόλπο της Καλλονής (συλλογή 20 ατόμων από κάθε περιοχή). Στη συνέχεια έγινε απομόνωση DNA, ηλεκτροφόρηση σε πηκτή αγαρόζης, ενίσχυση των τριών γονιδίων με τη μέθοδο της PCR, στη συνέχεια ηλεκτροφόρηση των προϊόντων τους σε πηκτή αγαρόζης. Τέλος, στα προϊόντα της PCR έγινε καθαρισμός και αλληλούχηση αυτών στον αυτόματο αναλυτή ABI 3500.
Έπειτα βρέθηκαν οι απλότυποι για κάθε γονίδιο σε κάθε πληθυσμό, στη συνέχεια κατασκευάστηκαν τα φυλογενετικά δένδρα των απλοτύπων. Στην συνέχεια, υπολογίστηκαν οι γενετικές αποστάσεις μεταξύ των πληθυσμών για κάθε γονίδιο αλλά και για τις συνολικές ακολουθίες. Έπειτα, με τη βοήθεια των κατάλληλων στατιστικών πακέτων κατασκευάστηκαν τα φυλογενετικά δένδρα των πληθυσμών που μελετήθηκαν.
Τέλος, έγινε υπολογισμός της τιμής του δείκτη Fst μεταξύ των πληθυσμών, για την αξιολόγηση της γενετικής τους διαφοροποίησης.
Η στατιστική ανάλυση των αποτελεσμάτων (υπολογισμός γενετικών αποστάσεων, κατασκευή φυλογενετικών δέντρων των πληθυσμών, τιμές του δείκτη Fst), μας έδειξαν ότι η υψηλότερη τιμή του δείκτη Fst=0.03119 βρίσκεται ανάμεσα στους πληθυσμούς του Ιονίου πελάγους και του Αμβρακικού κόλπου. Επίσης, είναι φανερό ότι ο πληθυσμός της περιοχής του Ιονίου πελάγους διαφοροποιείται από τον πληθυσμό του Αμβρακικού κόλπου P=0.01802 (P < 0.05), από την άλλη δεν υπάρχει στατιστικά σημαντική διαφοροποίηση ανάμεσα στους άλλους πληθυσμούς
| Institution and School/Department of submitter: | Σχολή Γεωτεχνικών Επιστημών - Τμήμα Επιστήμης και Τεχνολογίας Τροφίμων |
| Keywords: | Ευρωπαική σαρδέλα (Sardina pilchardus);Μιτοχονδριακό DNA;Αλυσιδωτή αντίδραση πολυμεράσης;Μέθοδος ελαχίστων τετραγώνων (LS);Περιοχή ελέγχου D-Loop (βρόγχος D);Μέθοδοι Neighbor Joining (NJ) |
| Description: | Μεταπτυχιακή εργασία - Σχολή Γεωτεχνικών Επιστημών - Τμήμα Επιστήμης και Τεχνολογίας Τροφίμων, 2020 (α/α 12696) |
| URI: | http://195.251.240.227/jspui/handle/123456789/16402 |
| Item type: | masterThesis |
| General Description / Additional Comments: | Μεταπτυχιακή εργασία |
| Item language: | el |
| Item access scheme: | account |
| Institution and School/Department of submitter: | Σχολή Γεωτεχνικών Επιστημών - Τμήμα Επιστήμης και Τεχνολογίας Τροφίμων |
| Publication date: | 2020-06-30 |
| Bibliographic citation: | Φερέντης, Α. (2020). Προσδιορισμός και ταυτοποίηση προϊόντων προστατευόμενης γεωγραφικής ένδειξης (Π.Γ.Ε.) του είδους Sardina pilchardus με τη χρήση DNA μεθοδολογιών (Μεταπτυχιακή εργασία). ΔΙΠΑΕ |
| Abstract: | Στην παρούσα μεταπτυχιακή διατριβή, το θέμα μελέτης είναι ο προσδιορισμός και η ταυτοποίηση καινοτόμων προϊόντων Προστατευόμενης Γεωγραφικής Ένδειξης (Π.Γ.Ε.) συγκεκριμένων ειδών της ιχθυοπανίδας του Αμβρακικού κόλπου, κάνοντας χρήση μεθοδολογιών του DNA. Χρησιμοποιήθηκαν τρεις μιτοχονδριακοί γενετικοί δείκτες, τα γονίδια COI, Cytb και η περιοχή ελέγχου (D-Loop). Έγινε συλλογή 60 ατόμων του είδους Sardina pilchardus από τρεις διαφορετικές περιοχές: Ιόνιο πέλαγος, Αμβρακικό κόλπο και κόλπο της Καλλονής (συλλογή 20 ατόμων από κάθε περιοχή). Στη συνέχεια έγινε απομόνωση DNA, ηλεκτροφόρηση σε πηκτή αγαρόζης, ενίσχυση των τριών γονιδίων με τη μέθοδο της PCR, στη συνέχεια ηλεκτροφόρηση των προϊόντων τους σε πηκτή αγαρόζης. Τέλος, στα προϊόντα της PCR έγινε καθαρισμός και αλληλούχηση αυτών στον αυτόματο αναλυτή ABI 3500.
Έπειτα βρέθηκαν οι απλότυποι για κάθε γονίδιο σε κάθε πληθυσμό, στη συνέχεια κατασκευάστηκαν τα φυλογενετικά δένδρα των απλοτύπων. Στην συνέχεια, υπολογίστηκαν οι γενετικές αποστάσεις μεταξύ των πληθυσμών για κάθε γονίδιο αλλά και για τις συνολικές ακολουθίες. Έπειτα, με τη βοήθεια των κατάλληλων στατιστικών πακέτων κατασκευάστηκαν τα φυλογενετικά δένδρα των πληθυσμών που μελετήθηκαν.
Τέλος, έγινε υπολογισμός της τιμής του δείκτη Fst μεταξύ των πληθυσμών, για την αξιολόγηση της γενετικής τους διαφοροποίησης.
Η στατιστική ανάλυση των αποτελεσμάτων (υπολογισμός γενετικών αποστάσεων, κατασκευή φυλογενετικών δέντρων των πληθυσμών, τιμές του δείκτη Fst), μας έδειξαν ότι η υψηλότερη τιμή του δείκτη Fst=0.03119 βρίσκεται ανάμεσα στους πληθυσμούς του Ιονίου πελάγους και του Αμβρακικού κόλπου. Επίσης, είναι φανερό ότι ο πληθυσμός της περιοχής του Ιονίου πελάγους διαφοροποιείται από τον πληθυσμό του Αμβρακικού κόλπου P=0.01802 (P < 0.05), από την άλλη δεν υπάρχει στατιστικά σημαντική διαφοροποίηση ανάμεσα στους άλλους πληθυσμούς In this master’s thesis, the subject of the study is the determination and identification of innovative products of Protected Geographical Indication (P.G.I.) for specific species of fish in the Amvrakikos Gulf, using DNA methodologies. Three mitochondrial genetic markers, COI, Cytb, and the control region (D-Loop) were used. 60 individuals of Sardina pilchardus species were collected from three different regions: the Ionian Sea, the Amvrakikos Gulf, and the Gulf of Kalloni (a collection of 20 individuals from each region). Then we did DNA isolation, electrophoresis in agarose gel, amplification of the three genes by PCR method, then electrophoresis of their products in agarose gel. Finally, the PCR products were cleaned and sequenced in the analyzer ABI 3500. Then, the haplotypes for each gene in each population were found, then the phylogenetic trees of the haplotypes were made, then the genetic distances between the populations for each gene and for the overall sequences were calculated. Then, the phylogenetic trees of the studied populations were constructed using suitable statistical packages,. Finally, the value of the Fst index among the populations was calculated to evaluate their genetic differentiation. The statistical analysis of the results (calculation of genetic distances, construction of phylogenetic trees for the populations, values of the Fst index) showed that the highest value of the Fst=0.03119 index is between the populations of the Ionian Sea and the Amvrakikos Gulf. It is also clear that the population of the Ionian Sea was differentiated from the population of the Amvrakikos Gulf P=0.01802 (P<0.05), on the other hand there is no statistically significant difference between the other populations |
| Advisor name: | Ιμσιρίδου, Αναστασία |
| Examining committee: | Ιμσιρίδου, Αναστασία |
| Publishing department/division: | Τμήμα Επιστήμης και Τεχνολογίας Τροφίμων |
| Publishing institution: | ihu |
| Number of pages: | 107 σελ. |
| Appears in Collections: | Μεταπτυχιακές Διατριβές |
Files in This Item:
There are no files associated with this item.
Please use this identifier to cite or link to this item:
This item is a favorite for 0 people.
http://195.251.240.227/jspui/handle/123456789/16402
Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.
