Eureka! Institutional Repository

Το Fusarium circinatum ή αλλιώς (Gibberella circinata / phylum: Ascomycota) είναι ένα σοβαρό παθογόνο του είδους Pinus spp. παγκοσμίως, προκαλώντας την ασθένεια της καρκίνωσης. Αυτός ο επιθετικός μύκητας μπορεί να μολύνει σπόρους πεύκου και μπορεί εύκολα να εξαπλωθεί σε μεγάλες αποστάσεις μέσω του εμπορίου των σπόρων. Το F. circinatum μπορεί να μολύνει τους σπόρους τόσο εσωτερικά όσο και εξωτερικά και διασπείρεται εύκολα μέσω μολυσμένων σπόρων. Το F. circinatum έχει καταχωρηθεί ως παθογόνο καραντίνας σε πολλές χώρες πράγμα το οποίο οδηγεί στο αποτέλεσμα να αναπτυχθούν ειδικές μέθοδοι για την ανίχνευση αυτού του παθογόνου παράγοντα. Πολλές χώρες απαιτούν τον εντοπισμό σπόρων πεύκου για το F. circinatum προτού εισαχθούν σε αυτήν. Αυτές οι μέθοδοι είναι γνωστές ως διαθέσιμες μέθοδοι αλυσιδωτής αντίδρασης πολυμεράσης ή αλλιώς (Quantitative Polymerase Chain Reaction): παρέχουν θεωρητικά υψηλό επίπεδο ευαισθησίας και ακρίβειας και είναι ταχύτερες από τις παραδοσιακές μεθόδους. Επειδή είναι γνωστό ότι αυτές οι μέθοδοι qPCR είναι επιρρεπείς σε σφάλματα (δεν είναι αξιόπιστες) όταν εφαρμόζονται σε διαφορετικές συνθήκες, αξιολογήσαμε τις επιδράσεις έντεκα διαφορετικών κύριων μειγμάτων sybr green σε πρωτόκολλα που έχουν προηγουμένως αναπτυχθεί για την ανίχνευση του F. circinatum σε ένα μεγαλύτερο σύνολο απομονωθέντων στελεχών 3 κύριων μειγμάτων. Εξετάζοντας την 1) ειδικότητα 2) ευαισθησία 3) περιεκτικότητα 4) αναπαραγωγιμότητα 5) επαναληψιμότητα 6) καθώς επίσης δοκιμάστηκε και η ευρωστία της ευαισθησίας του πρωτοκόλλου. Η ποικιλομορφία των κύριων μειγμάτων επηρέασε σημαντικά την ποσοτική απόδοση του χημικού πειράματος τροποποιώντας περίπου το 26,02% της αποτελεσματικότητας, 10 φορές το επίπεδο ευαισθησίας στα εκχυλίσματα των σπόρων που έχουν μολυνθεί από το παθογόνο και 40% στην ικανότητα ανίχνευσης του F. circinatum σε περιβάλλον με μη στοχευμένα DNA. Η μελέτη μας υποστηρίζει ότι η ανάπτυξη και η επικύρωση ενός χημικού πειράματος για ζιζάνια καραντίνας θα πρέπει επίσης να περιλαμβάνει την ανάλυση των διαφορετικών αποδόσεων που αποκτώνται από διαφορετικούς προμηθευτές αναλώσιμων. Τα συμπεράσματα και οι συνέπειες της μελέτης αυτής για τη χρήση των μεθόδων qPCR στην ανίχνευση παθογόνων καραντίνας είναι ακόμη υπό συζήτηση.